สำนักงานศึกษาธิการจังหวัดสตูล จัดตั้งขึ้นตามคำสั่งหัวหน้าคณะรักษาความสงบแห่งชาติ ที่ 11/2559 เรื่อง การบริหารราชการของกระทรวงศึกษาธิการในภูมิภาค “ข้อ 4 ในแต่ละจังหวัด ให้มีสำนักงานศึกษาธิการจังหวัด สังกัดสำนักงานปลัดกระทรวง กระทรวงศึกษาธิการ เพื่อปฏิบัติภารกิจของกระทรวงศึกษาธิการเกี่ยวกับการบริหารและการจัดการศึกษาตามที่กฎหมายกำหนด การปฏิบัติราชการตามอำนาจหน้าที่ นโยบาย และยุทธศาสตร์ของส่วนราชการต่าง ๆ ที่มอบหมาย และให้มีอำนาจหน้าที่ ดังต่อไปนี้
(1) รับผิดชอบงานธุรการของคณะกรรมการศึกษาธิการจังหวัด และการปฏิบัติงานราชการ ให้เป็นไปตามอำนาจหน้าที่ของคณะกรรมการศึกษาธิการจังหวัด และตามที่คณะกรรมการศึกษาธิการจังหวัดมอบหมาย
(2) ส่งเสริม สนับสนุน และพัฒนางานด้านวิชาการของกระทรวงศึกษาธิการในระดับจังหวัด
(3) สั่งการ กำกับ เร่งรัด ติดตาม และประเมินผลการปฏิบัติงานของส่วนราชการหรือหน่วยงาน และสถานศึกษาในสังกัดกระทรวงศึกษาธิการในจังหวัด ให้เป็นไปตามนโยบายของกระทรวงศึกษาธิการ
(4) จัดทำกรอบการประเมินผลการปฏิบัติงาน และกำหนดตัวชี้วัดการดำเนินงานในลักษณะตัวชี้วัดร่วมของส่วนราชการหรือหน่วยงาน และสถานศึกษาในสังกัดกระทรวงศึกษาธิการในจังหวัด
ให้มีศึกษาธิการจังหวัด เป็นผู้บังคับบัญชาข้าราชการ พนักงานราชการ และลูกจ้างในสำนักงานศึกษาธิการจังหวัด อยู่ภายใต้การกำกับดูแลของศึกษาธิการภาค โดยอาจให้มีรองศึกษาธิการจังหวัดจำนวนไม่เกินหนึ่งคนเพื่อช่วยเหลืองานศึกษาธิการจังหวัด ให้ปลัดกระทรวงศึกษาธิการแต่งตั้งศึกษาธิการจังหวัดและรองศึกษาธิการจังหวัดจากข้าราชการในกระทรวงศึกษาธิการ ในระหว่างที่ยังมิได้มีการจัดตั้งสำนักงานศึกษาธิการจังหวัด ให้สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาหรือสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษา เขต 1 ในจังหวัดต่าง ๆ ทำหน้าที่เป็นสำนักงานศึกษาธิการจังหวัดในจังหวัดนั้น ๆ ไปพลางก่อน ใช้บังคับตั้งแต่วันถัดจากวันประกาศในราชกิจจานุเบกษา